Sim, assim que o cliente finalizar o Pedido você pode acessar ele através da sua Conta Vendizap no Menu Pedidos, abrindo o Pedido terá a opção de "Confirmar pagamento"
Em seguida você precisará confirmar a Forma de pagamento utilizada, se houver alguma necessidade pode alterar nesse momento.
Depois disso será aberta a tela de recebimento com o valor do Pedido e os campos de Acréscimo e Desconto, nesse momento você aplica o desconto desejado e confirma.
Pronto o Pedido ficará registrado como recebido com o desconto necessário e o mesmo se aplica para acréscimo